一杯日常飲用的咖啡，通常是使用水作為萃取的溶劑，萃取出來的成分中，最常被拿來探討的是這兩種成分：
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咖啡因 caffeine
濃度依烘焙程度而不同，中焙>深焙>淺焙。
一杯咖啡大約含有95mg咖啡因，一杯即溶咖啡大約含有60mg，去咖啡因的咖啡則是4mg。

咖啡因屬於刺激劑（stimulant），刺激交感神經，對中樞神經有增加警醒程度與注意力的效果，可能可以幫助長期記憶，減輕焦慮與改善心情，追蹤研究發現適量攝取咖啡因能減少10~20%憂鬱的機率，但過量攝取咖啡因可能反而會使憂鬱的症狀惡化。比較敏感的族群飲用咖啡則可能會出現焦慮或顫抖、影響睡眠。
除了提神，咖啡因被發現能保護腦細胞，降低罹患帕金森氏症（Parkinson’s disease (PD)）的機率。

因為咖啡因會刺激交感神經，會短暫降低食欲，但並沒有減重的效果。研究並顯示能短暫增加耐力運動時的運動表現。
咖啡當中抗發炎與抗氧化的成分，被認為對整體健康有益，並在30年的追蹤研究中發現能降低15%死亡率。
針對更年期女性的研究發現，攝取咖啡因可能會更容易出現熱潮紅或夜汗等狀況。咖啡因可能會影響人體吸收鈣質，有研究發現高量咖啡因的攝取與骨質密度輕微下降有相關，但並沒有增加骨折的風險。
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綠原酸 chlorogenic acid (CGA)
隨著烘焙程度越高，濃度會下降，淺焙>中焙>深焙，每杯從6mg到290mg含量不等。一篇韓國的研究中認為新鮮沖泡的單品豆咖啡的咖啡因/綠原酸成分比例最理想，綠原酸含量大約每杯200mg左右。
截至目前的研究顯示綠原酸有抗氧化、抗菌抗病毒、護肝腎、保護心血管等等對健康的益處。